История СУБД ЛИНТЕР начинается в 1980 году. У системы были своиотечественные предшественники, в разработке которых принималинепосредственное участие создатели СУБД ЛИНТЕР. К 1983 году вВоронежском СКТБ «Системпрограмм», в рамках государственного заказа,был разработан и успешно завершен проект реляционной СУБД БАРС подуправлением операционной системы реального времени РАФОС (прототипRT-11) для машин семейства СМ ЭВМ.

С 1985 года разработчиками системы была принята концепциямобильности, совместимости и открытости, результатом реализации которойстало создание СУБД ИНТЕРЕАЛ. Данная система охватывала широкий спектр программно-аппаратных платформ: от ЭВМ Электроника-85 и управляющих модулей на базе Intel 8086 до вычислительных комплексов на базе СМ1702, Электроника 82, и их прототипов семейства VAX.

В 1990 году коллективом разработчиков СУБД было основано научно-производственное предприятие РЕЛЭКС (Реляционные экспертные системы). Именно тогда и появилась собственно СУБД ЛИНТЕР.

В конце 90-х годов в рамках проектов МО РФЗАО НПП «РЕЛЭКС» была разработана система Линтер-ВС 6.0. Прототипомданной системы стала коммерческая версия СУБД ЛИНТЕР 5.7 образца 1999года, также разработанная в компании РЕЛЭКС. Система ЛИНТЕР-ВС 6.0,сертифицирована Государственной технической комиссией при Президенте РФна соответствие третьему классу защиты информации отнесанкционированного доступа. ЛИНТЕР-ВС 6.0 работает только подуправлением операционной системы МСВС.

Существует также система «Линтер-ВС 6.0.1», разработанная во ВНИИНС на основе PostgreSQL 7.2. Она также предназначена для использования с МСВС.